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GeneXprINT_NBT
Équipement de biologie moléculaire et approches bioinformatiques
La plateforme GeneXprINT combine expertise en bioinformatique et en biologie moléculaire pour l’analyse de l’expression génique en neurosciences. Elle est dédiée à la mise en œuvre de technologies générales de biologie moléculaire, avec une spécialisation dans les approches de PCR quantitative pour l’analyse transcriptomique (échantillons complexes et cellules uniques). GeneXprINT propose également un service de génotypage (modèle murin) ainsi qu’une formation et un accompagnement en biologie moléculaire et bioinformatique.
La plateforme GeneXprINT met à la disposition des équipes de recherche de l’INT :
i) une plateforme technique entièrement équipée en « biologie moléculaire », organisée et structurée conformément aux exigences BPL et HS nécessaires (sectorisation, postes de travail et équipements dédiés, principe de progression). Cette plateforme technique permet d’effectuer, dans un environnement contrôlé : extraction d’acides nucléiques, analyse qualitative et quantitative d’acides nucléiques, PCR, PCR quantitative en temps réel (qPCR), formats 96 puits et cartes array TaqMan® 384, préparation de bibliothèques RNAseq, manipulations post-PCR, clonage moléculaire et préparation de plasmides.
ii) une plateforme technique « patch-transcriptomique » entièrement équipée, organisée et structurée selon les exigences BPL et HS pour la biologie moléculaire. Cette organisation spécifique permet la réalisation d’expériences d’électrophysiologie dans un environnement contrôlé, garantissant les conditions nécessaires pour des expériences transcriptomiques en aval utilisant les méthodes PCR, qPCR et RNAseq sur des cellules uniques.
iii) un service de génotypage (modèles murins). Le génotypage est réalisé à l’aide d’un protocole PCR standardisé, optimisé pour l’utilisation de follicules pileux. Cette méthode d’échantillonnage non invasive est en adéquation avec une démarche visant à améliorer le bien-être animal et ne nécessite aucune autorisation spécifique. La transmission des résultats s’inscrit dans une démarche qualité qui assure la traçabilité des informations entre l’animalerie, le service de génotypage et les équipes de recherche.
iv) Formation théorique et technique, support et conseils pour les analyses bioinformatiques : analyse de séquences, conception d’essais PCR et qPCR.
GeneXprINT fait partie de la plateforme Neuro-Bio-Tools (NBT), qui se distingue des autres plateformes techniques de neurobiologie et de biologie moléculaire par l’intégration de quatre domaines technologiques : Neuro-Vir (conception et production de vecteurs viraux pour rongeurs et primates non humains), Connecto-Vir (conception et mise en œuvre de projets neuroanatomiques utilisant des vecteurs viraux), BioMINT (identification de biomarqueurs pour le diagnostic et le suivi pathologique clinique ou préclinique) et GeneXprINT (analyse de l’expression génique en neurosciences).
Techniques :
– Quantification moléculaire
– Génotypage sur biopsies de queue et follicules pileux
– PCR – PCR en temps réel – Échantillons en vrac et cellules uniques
– ADN, ARN, miRNA
Équipements :
– Bioanalyseur
– Fast prep
– Nanodrop 2000
– Qubit
– Thermocycleurs PCR
– PCR rapide qPCR QS7 (96 puits ou carte d’expression génique)
Formation :
La plateforme GeneXprINT peut être ouverte à la formation de personnel extérieur à l’INT, bien que la portée actuelle de la formation concerne essentiellement le personnel de l’INT.
Les utilisateurs peuvent être formés à :
– Bonnes Pratiques de Laboratoire, HS en biologie moléculaire
– PCR : principe, conception des amorces, optimisation et mise en œuvre
– Principe de la qPCR, conception des amorces et des sondes, analyse des données (prérequis PCR)
– Transfert des compétences en génotypage.
Scientific Manager Jean-Marc Goaillard (CR)
Email : Jean-marc.goaillard@univ-amu.fr
Technical Manager Christine Formisano (IE AMU)
Email : Christine.formisano@univ-amu.fr
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